Nach der Bestellung (bei der GmbH beispielsweise durch Beschluss der Gesellschafterversammlung) und der Beauftragung (bei der GmbH beispielsweise durch die Geschäftsführung) kann die Abschlussprüfung beginnen. 

Mit Prüfungsbeginn benötigt der Wirtschaftsprüfer zahlreiche Informationen, Unterlagen und Verträge von dem zu prüfenden Unternehmen.

Die Abschlussprüfung kann typischerweise in drei Phasen unterteilt werden:

1. Vorprüfung – Prüfung des internen Kontrollsystems und des IT-Systems; analytische Prüfungshandlungen; Vorbereitung der Prüfungshandlungen im Rahmen der Hauptprüfung

2. Hauptprüfung – Analytische Prüfungshandlungen; Stichproben; Auswertung von Bestätigungen; Prüfung Anhang und Lagebericht

3. Berichtsphase – Prüfung Anhang und Lagebericht; Anfertigung des Berichts

Vorprüfung

Die Vorprüfung wird typischerweise vor dem Bilanzstichtag und teilweise in Kombination mit der gegebenenfalls erforderlichen Inventurbeobachtung durch den Wirtschaftsprüfer durchgeführt. Im Rahmen der Vorprüfung werden durch den Wirtschaftsprüfer nochmals die wichtigsten Informationen, Unterlagen und Verträge (siehe Anforderungsliste) zusammengetragen. Im Mittelpunkt der Vorprüfung stehen die Prozesse und die IT-Infrastruktur des Unternehmens; hierzu werden unter anderem Interviews mit Prozessverantwortlichen geführt.

Zusätzlich werden weitere Prüfungshandlungen für die Hauptprüfung vorbereitet. In diesem Zusammenhang werden insbesondere eventuelle Saldenbestätigungsaktionen gestartet, Rechtanwalt- und Bankbestätigungen vorbereitet.

Hauptprüfung

Bei der Hauptprüfung werden auf Grundlage der Erkenntnisse der Vorprüfung die Bestätigungsaktionen ausgewertet und Stichproben bei den einzelnen Prüffeldern gezogen. Des Weiteren werden durch analytische Prüfungshandlungen die Entwicklungen der Bilanz sowie Gewinn- und Verlustrechnung nachvollzogen und verplausibilisiert. Mit Vorliegen des Anhangs und Lageberichts werden auch diese, vorzugsweise gemeinsam mit den entsprechenden Prüffeldern, geprüft. 

Berichtsphase

Während der Erstellung des Berichts werden noch einmal die Prüfungsakten durchgesehen. Dabei können sich noch Nachfragen ergeben. Häufig dauert auch die Prüfung des Anhangs und des Lageberichts bis zur Berichterstattung an. Ergebnis der Berichtsphase ist der Prüfungsbericht samt Bestätigungsvermerk. Der Bestätigungsvermerk kann uneingeschränkt sein, eingeschränkt oder versagt werden.

Es handelt sich um eine vereinfachte Darstellung des Prüfungsablaufs zu Illustrationszwecken; der tatsächliche Prüfungsablauf ist komplexer als hier ausgeführt.